parte 1
missão começa logo após Jason e seus amigos serem capturados e saparados por piratas da ilha. Logo após sua captura Jason acorda preso numa pequena cela de madeira junto com seu irmão Grant(o cara mais ninja de todos os tempos).Grant se solta com uma de suas "ninjisses"e ajuda Jason a se soltar também para os dois fugirem de lá e irem a procura de seus amigos capturados. Depois que os dois conseguem fugir da pequena cela ou gaiola,você já começa a controlar Jason e sua missão é seguir Grant até um ponto em que aparece o personagem mais foda de todos os jogos já existentes, VAAS MONTENEGRO. Jason e Grant já estavam praticamente em segurança quando Vaas aparece e mata Grant com um tiro no pescoço(isso mesmo até os ninjas morrem e essa é a prova disso).Após seu irmão ser morto,Jason tenta socorre-lo mais obviamente não consegue e Vaas o manda fugir e fica atirando em Jason e tirando sarro da situação,é ai que você volta a controlar o personagem e sua missão é correr até uma pequena ponte que irá se quebrar e Jason cairá num tipo de cachoeira ou rio onde será encontrado e recrutado por Dennis(um morador da ilha que luta há anos contra os piratas de Vaas). 2ªmissão: down in Amanaki town Dennis se apresenta à Jason e mostra que fez uma tatuagem em seu braço e essa será utilizada como skill no jogo,ou seja,cada skill que você "comprar" com pontos de xp,a tatuagem irá aumentar. Dennis também te apresenta a tribo onde mora e te dá $60,00 pra você comprar uma arma. Depois que você compra a arma,Dennis te leva até um lugar e diz pra você ativar uma torre de rádio(essas torres funcionam como em Assassin's Creed,ou seja,cada torre que você ativar irá abrir um pedaço novo no mapa e quanto mais torres você ativar mais armas serão gratuitas na loja). Preste bastante atenção nos caminhos que você fizer nas missões ou quando você estiver andando mesmo na ilha,porque o jogo contem várias caixas com dinheiro,munição,pertences dos piratas e etc. Depois de subir e ativar a torre,a missão sera concluída.